DNA Metilasyonu Nedir?
• Gen ifadesini değiştirerek hücre fonksiyonlarını değiştiren,
• bir metil grubunun kovalent şekilde DNA metiltransferaz (DNMT) katalizinde,
• bir CpG dinükleotidindeki Sitozinin 5-karbonundan yapıya eklenmesini ifade eden,
• epigenetik (gen ifadesindeki değişikliklerin, DNA sekansıyla bağlantı göstermeksizin, hücre bölünmesi boyunca bir nesilden diğerine geçebilmesi) bir olaydır.
• DNA metilasyonu, insanlarda ve pek çok memelide bilinen tek doğal DNA modifikasyonudur ve yalnızca Guanozin (G) tarafından takip edilen Sitozin (C) bazını etkiler. Böylelikle, bu organizmalarda, DNA metilasyonu yalnızca CpG alanlarında gözlenir.
*Kanserde, transkripsiyon başlangıç bölgesindeki normal olmayan metilasyon tümör süprasör genlerin (p16, VHL, Rb… gibi) ifadesini baskılayabilir.
DNA’nın metilasyon statüsünü belirlemek için sodium bisulfite treatment yöntemi gold standart olarak kabul edilmektedir. Hem kolay hem de efektif bir yöntemdir. Bu yöntemle DNA’daki metillenmemiş tüm sitozinleri, kimyasal reaksiyonla Uracil’e çevrilir. DNA’daki metillenmiş olan sitozinler reaksiyon süresince değişmeden kalır. Dönüşüm işlemi bittikten sonra DNA PCR ile amplifiye edilir ve sekanslama işlemi yapılarak DNA’nın metilasyon statüsü belirlenir.
Zymo metilasyon kitleri in-column desulphonation technology ile tek adımda denaturation ve conversion aynı tüpte yapar, temizlenmiş ultra-pure DNA elde edilir. Kitlerin spin kolon ve filtration plate formatları mevcuttur. Gold kit ile DNA bisülfit modifikasyonu 3 saatte, direct kit ile 4 saatte, Lightning kit ile 1 saatte tamamlanır. Direk kit ile direk numuneden (hücre, kan, doku FFPE doku) metilasyon yapmak mümkündür.
