Soya sosu ve peynir gibi diğer yiyeceklerin kendisi de mantar içerir. Mantarlar ve yer mantarları gibi bazıları kendi başlarına besin kaynağıdır. Yeryüzünde yaşayan tahmini 1,5 milyon mantar türünden yaklaşık 300 tanesinin, alerjik reaksiyonlardan yaşamı tehdit eden enfeksiyonlara kadar çeşitli hastalıklara neden olduğu bilinmektedir. Bu sayı küçük gibi görünse de, bu mantar türleri hala bazı durumlarda hasara ve hatta ölüme neden olabiliyor.
Dikkat edilmesi gereken önemli bir terim IFI veya İnvaziv Mantar Enfeksiyonlarıdır. Bu enfeksiyonlar hastalık ve ölüm oranlarının artmasına neden olabilen enfeksiyonlardır. Bağışıklık sistemi zayıf olan kişilerin mantar kaynaklı bir gıda patojeni tarafından enfekte olma şansı en yüksektir. Bu enfeksiyonların meydana gelme ihtimalinin bulunmadığından emin olmak için üretim ekipmanının rutin test edilmesi önemlidir. Mantar kaynaklı gıda kaynaklı patojenlerin çoğu süt ürünlerinden veya diyet takviyelerinden başlar. Gıdayla ilişkilendirilen istilacı mantar enfeksiyonlarının neredeyse tamamı süt ürünleriyle, özellikle de yoğurtla ilişkilendirilmiştir. Yoğurt endüstrisinde Mucor circinelloides'te 200'den fazla kişinin kusma, ishal ve mide bulantısına neden olan bir kirletici vakası vardı. Yoğurt üreticisi, enfeksiyon ortaya çıkınca tüm ürünlerini geri çekti ancak kalite testlerinin daha sık yapılması, enfeksiyonun önlenmesine yardımcı olabilirdi.
Bu patojenler, bazı durumlarda insanlara zarar verebilecek ikincil metabolitleri sentezleyebilir. En çok rapor edilen gıda kaynaklı mantar Aspergillus flavus'tur. Yaygın olarak depolanan ürünlerde, özellikle tahıllarda bulunan baskın türlerden biri olarak mevcuttur. Düşük su aktivitesi ve yüksek sıcaklıktaki ortamlar büyüme için en uygun koşulları sağladığından bu koşullarda gelişir. Bu mantar özellikle peynirlerde oluşan B aflatoksinlerini üretme yeteneğine sahiptir. Bu toksin, bazı durumlarda kansere ve diğer hastalıklara neden olabilen bir kanserojendir. Bu patojenlerin gerçek kapsamı bilinmemektedir ve bunların halk sağlığı üzerindeki tam etkisini bilmek için daha fazla araştırmaya ihtiyaç vardır.
Mantar kaynaklı gıda patojenleri bakteriler kadar yaygın olmayabilir ancak bunların nasıl ortaya çıktığını ve nasıl önlenebileceğini bilmek yine de önemlidir. Şirketler, kalite testlerini üretim süreçlerine dahil ederek, ürünlerinin herhangi bir mantar patojenine karşı güvenli olduğundan emin olmak için çalışabilirler.